ナットウキナーゼの一番の特徴は『血栓の主要成分であるフィブリンを溶かす』という働きがあるとされています。また、少し専門的にはなりますが血栓を溶解する酵素、プラスミンを作り出す作用、血栓の溶解を阻害するPAI-1という物質を分解する作用、ウロキナーゼという酵素の血栓溶解活性も増大させるなどさまざまな角度から血栓を溶解する働きがあると言われています。

その他にも血液をさらさらにする効果や血圧降下作用、整腸作用、免疫向上作用などもあるとされています。

血栓の主要な成分はフィブリンという物質です。これは血液が固まる工程で必要なタンパク質の一種で、けがをして出血した際に傷口をふさいで出血を止めるという、とても大切な役割を担っています。

しかしこの血栓が何らかの原因により血管内で作られてしまうと、血管が細くなりやがて詰まってしまうことにより血流障害が生じてしまいます。血流障害が起こると体の細胞に栄養や酸素が行き渡らなくなってしまい、細胞が壊死をおこしてしまいます。それが心臓の血管にできると心筋梗塞、脳にできると脳梗塞という重大疾患を引き起こしてしまいます。

重要な役割を持ちながらも、その役割が発揮するケース、場所によっては命に関わる可能性がある血栓。その主要成分のフィブリンを溶解させる働きを持つのがナットウキナーゼです。

ナットウキナーゼはそれ自身が血栓溶解に作用する以外にも血栓を溶解させる働きを持つ酵素のウロキナーゼやプラスミンの働きを助けるという作用も確認されています。

血管内で血栓ができる最大の原因は血液が流れにくい状態になってしまうことにあります。流れにくい状態とはわかりやすい表現で言うと『血液がドロドロしている』という状態のことです。

私たちの体は上手くできており、血管内でスムーズに血液が流れている場合は血栓を作りません。しかし、その流れがいつもと違った流れ方、例えば怪我をして違う方向に血液が流れたり、血管内にこぶのような異物ができて血液の流れ方が変わったりすると血栓を作る作用が働きだします。血液がドロドロになってしまうと通常の血流が変わってしまい、そこから少しずつ血管内に血栓ができてしまいます。

ナットウキナーゼはウロキナーゼやプラスミンなどの血栓溶解酵素を活性化させることにより、ドロドロの血液になるのを予防すると言われています。

血液の流れが悪くなると、ポンプの役割をしている心臓に負担をかけてしまいます。ドロドロになってしまった血液で血流を確保するためには強い力で血液を押し出す必要があるためです。その結果、血圧が上がってしまうのです。

さらに血管内壁に脂が溜まる（高脂血症）とさらに流れにくい状態に加えて、血管の弾力性も失われるためさらに強い力が必要です。血液をサラサラの状態に保つことで血流が確保できるので、強い力も必要なくなります。

このことから、ナットウキナーゼは血液をサラサラにすることにより血圧の上昇を抑えてくれるという働きがあるとされています。また、脂が溜まる原因もドロドロの血液が原因ですのでこれも予防が可能です。

納豆を毎日食べていると、腸内の悪玉菌を減らして善玉菌を増やすと言われています。最近では腸内環境を維持することが健康維持や美容に効果的であるということがよく言われています。

腸内には数百種類、何百兆個もの細菌が存在しています。子供、特に乳幼児ではその90％以上が善玉菌ですが、年齢を重ねるにつれて悪玉菌が増えてきます。

善玉菌を増やし、腸内環境を良好にすることにより、老廃物の排泄促進（便秘改善など）や有害菌を減らし様々な病気へのリスクの軽減や、若さを保つことができるとされています。

ナットウキナーゼにはビタミンB群を増やす働きがあるとされています。このビタミンB群は抗酸化作用があり、細胞の傷を予防したり修復したりします。腸内細菌を増やす働きも併せ持つので有害菌の繁殖を抑えて病気のリスクを減らし、細胞の修復作用もあり。最近では発がん性物質を産生する有害菌の繁殖も抑える可能性があるという研究もあるという結果も出てきています。